网站已经根据《web服务器目录权限设置原则》设置过服务器，理论上不应该再出现恶意篡改的问题。研究了一下帝国CMS的后台，发现帝国CMS有生成静态文件的功能，网站的首页和栏目里的文章都是生成的静态文件，在生成静态文件的时候肯定需要对网站目录有写入的权限，而且还需要访问这些网站目录的权限，和web服务器目录权限设置原则 讲的有冲突。

这个问题有点头疼，想到一个办法，参考易客CRM定义模块时遇到的权限问题的解决办法，在需要写入权限的时候就通过命令行脚本更改一下网站目录的权限，静态文件生成后就收回网站目录的权限，由于网站目前遇到的问题是网站首页恶意篡改问题，所以只针对index做处理，其他目录暂不做处理。

找到帝国CMS刷新首页的处理代码，e/class/chtmlfun.php中的ReIndex函数，在函数的开头加上修改权限为555的linux 命令行代码，在函数的结尾加上修改权限为777的Linux 命令行代码，这样只是在更新首页时才拥有写入权限，其他情况下只有读取和执行权限，没有写入权限。在php代码中调用Linux命令是通过shell_exec函数调用的。

没有index的写入权限，网站首页再也不用担心被恶意攻击了！不过，这个方法还有待观察，希望能彻底解决这个问题。