在Linux系统上进行MongoDB故障排查时，可以按照以下步骤进行：

确认MongoDB是否已经正确安装：使用命令 mongod --version 检查MongoDB是否已经安装。如果没有安装，请参考MongoDB官方文档进行安装。

检查启动命令是否正确：确保使用正确的命令启动MongoDB，命令应为 mongod 而不是 mongo。

检查路径设置：确认MongoDB的二进制文件路径已经正确设置在系统的路径中。可以通过 echo $PATH 查看路径设置，并编辑 .bashrc 或 .profile 文件将路径添加到 PATH 环境变量中。

检查日志文件：查看MongoDB的日志文件以寻找错误信息。日志文件通常位于 /var/log/mongodb/mongod.log。可以使用 tail -f /var/log/mongodb/mongod.log 命令实时查看日志内容。

检查配置文件：检查MongoDB的配置文件 /etc/mongod.conf，确保所有配置项正确无误，特别是数据目录（dbPath）、日志文件路径（systemLog.path）等。

检查硬件状态：确保服务器硬件状态正常，如内存、存储空间等。

检查权限设置：确保MongoDB进程有足够的权限访问配置文件、日志文件和数据目录。可以使用 chown 和 chmod 命令来设置正确的权限。

使用监控工具：

mongostat：提供关于MongoDB实例的全局性能统计信息。mongotop：显示每个集合的读写情况。

分析错误日志：通过分析错误日志中的信息，了解发生故障的原因和位置。

恢复操作：如果数据损坏，可以使用 mongorestore 工具进行数据恢复。

更新和重启服务：如果确定是软件版本问题，可以尝试更新MongoDB到最新版本，然后重启服务。

常见错误及解决方案：

连接失败：检查MongoDB服务是否启动，端口配置是否正确，防火墙设置是否允许MongoDB端口通过。主键冲突：检查索引定义，确认冲突字段是否被标记为唯一索引，清理重复数据。内存不足：在配置文件中设置引擎缓存大小，优化查询性能。查询超时：延长游标超时时间，分批次获取数据。写入拒绝：调整写入确认级别，检查副本集状态。副本集同步异常：动态调整oplog大小，监控同步延迟。

如果以上步骤都无法解决问题，可以参考MongoDB官方文档或寻求社区帮助。