在Debian上优化MySQL查询可以通过多种方式来实现，以下是一些常见的优化策略：

优化查询语句:

使用EXPLAIN关键字来分析查询语句的执行计划，了解MySQL是如何处理查询的。确保查询中使用的索引是有效的，避免全表扫描。避免在WHERE子句中使用函数或计算，这可能会导致索引失效。尽量减少子查询和嵌套查询的使用，可以考虑使用JOIN来替代。使用LIMIT来限制返回的结果集大小。

索引优化:

为经常用于搜索、排序和分组的列创建索引。确保复合索引的顺序与查询中最常用的字段顺序一致。定期分析和优化表索引，使用ANALYZE TABLE和OPTIMIZE TABLE命令。

配置优化:

调整my.cnf或my.ini文件中的MySQL配置参数，例如innodb_buffer_pool_size（对于InnoDB存储引擎）、key_buffer_size（对于MyISAM存储引擎）、query_cache_size等。根据服务器的内存大小和数据库的工作负载来调整这些参数。

硬件优化:

增加服务器的内存，以便更多的数据和索引可以缓存在内存中。使用更快的存储设备，比如SSD，来提高I/O性能。

定期维护:

定期备份数据库，以防数据丢失。定期清理无用的数据和索引，以减少数据库的大小和提高性能。

使用缓存:

利用MySQL的查询缓存功能（如果适用）来存储查询结果，以便快速响应相同的查询请求。考虑使用外部缓存系统，如Redis或Memcached，来缓存查询结果。

分区表:

对于非常大的表，可以考虑使用分区来提高查询性能。

读写分离:

如果应用程序的读取操作远多于写入操作，可以考虑设置主从复制，将读取操作分散到多个从服务器上。

使用慢查询日志:

启用慢查询日志来记录执行时间超过特定阈值的查询，然后分析这些查询并进行优化。

升级MySQL版本:

考虑升级到MySQL的最新版本，因为新版本通常包含性能改进和优化。

在进行任何优化之前，建议先在测试环境中进行更改，并监控其对性能的影响。此外，优化是一个持续的过程，需要定期评估和调整。