HBase的元数据是存储在Hadoop的HDFS（Hadoop Distributed File System）上的。具体来说，HBase的元数据包括表结构、列族、列限定符、行键设计、时间戳信息等，这些信息都被保存在HDFS上的一个特殊文件中，通常称为.hbase文件。这个文件是一个HFile，它是HBase用来存储大量数据的底层文件格式之一。

此外，HBase还使用了一个名为HMaster的进程来管理元数据。HMaster负责处理来自客户端的元数据请求，如创建表、删除表、修改表结构等。HMaster将元数据信息缓存在内存中，以提高响应速度。但是，为了确保数据的持久性和容错性，HMaster会将重要的元数据信息定期写入HDFS上的.hbase文件中。

因此，可以说HBase的元数据存储在HDFS上的.hbase文件中，并由HMaster进程负责管理。