要在Windows系统上实现FileZilla Server开机自启动，您可以按照以下步骤进行配置：

打开FileZilla Server的安装目录，通常位于C:\Program Files\FileZilla Server。

在安装目录中找到一个名为“FileZilla Server Interface.exe”的可执行文件，右键点击并选择“创建快捷方式”。

将新创建的快捷方式剪切或复制到以下目录：C:\Users\您的用户名\AppData\Roaming\Microsoft\Windows\Start Menu\Programs\Startup。请注意，这是用于当前用户开机自启动的目录，如果希望在所有用户开机自启动，请将快捷方式复制到C:\ProgramData\Microsoft\Windows\Start Menu\Programs\Startup目录。

重新启动计算机，FileZilla Server应该会在系统启动时自动运行。

通过以上步骤，您可以实现FileZilla Server的开机自启动配置。