当在使用Hibernate时，出现主键冲突时，可以通过以下几种方式解决：

使用Hibernate的saveOrUpdate()方法：通过该方法可以实现插入新记录或更新已有记录的功能，如果主键冲突，则会自动更新已有记录。

手动处理主键冲突：可以在代码中捕获主键冲突的异常，并根据具体情况进行处理，例如尝试更新已有记录或生成新的主键值重新插入。

使用Hibernate的merge()方法：该方法会将传入的对象与数据库中已有的对象合并，如果主键冲突，则会更新已有记录。

使用Hibernate的native SQL：可以直接使用原生SQL语句执行插入操作，可以在SQL语句中处理主键冲突的情况。

总的来说，要根据具体的业务需求和情况选择合适的解决方案来处理Hibernate保存主键冲突的情况。