日本vps主机的缺点有：1、日本vps主机的某些功能受到服务商限制，如耗用系统资源的论坛程序、流量统计功能等；2、日本vps主机网站访问速度较慢，可能是服务器配置等方面的原因造成。
具体内容如下：
1、某些功能受到服务商的限制
比如可能耗用系统资源的论坛程序、流量统计功能等。
2、某些日本vps主机网站访问速度过慢
这可能是由于主机提供商将一台主机出租给数量众多的网站，或者服务器配置等方面的原因所造成的，这种状况网站自己无法解决，对于网站的正常访问会产生不利影响等等情况。
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