在C#中使用OpenCV生成圆时，可以通过设置圆的颜色和透明度来实现透明效果。具体步骤如下：

首先，使用CvInvoke.Circle方法绘制一个圆，指定圆的中心坐标、半径、颜色和线宽。例如：

CvInvoke.Circle(image, new Point(100, 100), 50, new MCvScalar(0, 0, 255), -1);

在指定颜色参数时，可以使用MCvScalar结构指定颜色的BGR值，例如new MCvScalar(0, 0, 255)表示红色。如果要设置透明度，可以在颜色值中添加一个透明度通道，例如new MCvScalar(0, 0, 255, 128)表示设置透明度为128的红色。

在设置透明度时，需要将透明度通道的值设置在0-255范围内，其中0表示完全透明，255表示完全不透明。

通过以上步骤，可以在C#中使用OpenCV生成具有透明效果的圆。