在PyCharm中刷新项目文件的方法有两种：

使用快捷键：按下Ctrl + Alt + Y（在Windows和Linux系统上）或Cmd + Option + Y（在Mac系统上）可以刷新项目文件列表。

使用菜单选项：在顶部菜单栏中选择File -> Synchronize，或者右键点击项目文件列表中的任意位置，选择Synchronize选项，即可刷新项目文件列表。

这样就可以在PyCharm中刷新项目文件了。