在Eclipse中调试Java程序有几种不同的方法：

使用断点调试：在代码中设置断点，然后使用调试模式运行程序。当程序执行到断点时，程序会暂停执行，可以查看变量的值，单步调试，跟踪代码执行流程等。

控制台调试：可以在Eclipse的控制台中输出调试信息，通过输出信息来定位问题所在。

使用变量查看器：在调试模式下可以查看当前变量的值，可以监控变量在程序执行过程中的变化。

使用表达式查看器：在调试模式下可以输入表达式，查看表达式的值，方便调试复杂的逻辑。

使用调试视图：Eclipse中有调试视图，可以查看当前线程的调用栈，查看各个线程的状态等。

总的来说，Eclipse提供了丰富的调试工具，可以帮助开发人员快速定位问题并调试程序。