要在FileZilla Server中设置多个文件夹，您可以按照以下步骤操作：

打开FileZilla Server管理界面，并登录到您的管理员账户。在左侧面板中，选择“Shared Folders”选项。点击“Add”按钮来添加一个新的共享文件夹。在弹出的对话框中，选择您想要共享的文件夹路径。您可以设置共享文件夹的别名以便更容易识别。点击“OK”来保存设置。

您可以重复以上步骤来添加更多的共享文件夹。这样，您就可以在FileZilla Server中设置多个文件夹供用户访问。