云主机设置防御SYN攻击的方法：1、使用相关命令减少SYN-ACK数据包的重发次数；2、然后使用SYN Cookie技术；3、再增加backlog队列；4、最后限制SYN并发数即可。

具体内容如下：

1、减少SYN-ACK数据包的重发次数（默认是5次）

sysctl-wnet.ipv4.tcp_synack_retries=3
sysctl-wnet.ipv4.tcp_syn_retries=3

2、使用SYN Cookie技术

sysctl -w net.ipv4.tcp_syncookies=1

3、增加backlog队列（默认是1024）

sysctl -w net.ipv4.tcp_max_syn_backlog=2048

4、限制SYN并发数

iptables -A INPUT -p tcp --syn -m limit --limit 1/s -j ACCEPT --limit 1/s

当然，最有效的防攻击方式是配备专业安全硬件系统或使用高防云服务器。