Linux服务器操作系统的缺点有：1、Linux系统通过输入命令的形式管理与操作，操作难度较大；2、没有专门的支持厂商提供售后服务支持。

具体内容如下：

1、操作难度较大

Linux系统是通过输入命令的形式管理与操作的，相对Windows系统的图形界面来说，操作难度较大，尤其是对Linux命令不熟悉的用户来说有一定的难度，这就需要用户在进行操作该系统之前，先对该操作系统进行熟悉。

2、没有特定的支持厂商

Linux是免费开源的，不是由服务商所提供，因此没有专门的支持厂商提供售后服务支持。