日本vps主机的缺点有：1、日本vps主机的某些功能受到服务商限制，如耗用系统资源的论坛程序、流量统计功能等；2、日本vps主机网站访问速度较慢，可能是服务器配置等方面的原因造成。

具体内容如下：

1、某些功能受到服务商的限制

比如可能耗用系统资源的论坛程序、流量统计功能等。

2、某些日本vps主机网站访问速度过慢

这可能是由于主机提供商将一台主机出租给数量众多的网站，或者服务器配置等方面的原因所造成的，这种状况网站自己无法解决，对于网站的正常访问会产生不利影响等等情况。