以下是日本云服务器常用的免费软件：
1. Apache：开源的Web服务器软件，支持多种操作系统。
2. MySQL：开源的关系型数据库管理系统，支持多种操作系统。
3. PHP：开源的服务器端脚本语言，用于Web开发。
4. WordPress：开源的博客平台，支持多种插件和主题。
5. Joomla：开源的内容管理系统，用于搭建网站和博客。
6. Drupal：开源的内容管理系统，适用于大型网站和企业级应用。
7. Tomcat：开源的Java Servlet容器，用于Web应用开发和部署。
8. Nginx：开源的高性能Web服务器和反向代理服务器，支持多种操作系统。
9. Git：开源的分布式版本控制系统，用于团队协作和代码管理。
10. OpenSSH：开源的安全Shell协议，用于远程登录和文件传输。