管理日本VPS云主机的方法如下：
1. 登录控制面板：通常，你会在购买VPS云主机时，获得一个登录控制面板的账号和密码。通过控制面板，你可以管理VPS的各种设置和配置，如网络设置、安全设置、备份等。
2. 远程登录：你可以使用SSH（Secure Shell）等远程登录工具，通过命令行界面远程连接到VPS云主机。在远程登录后，你可以执行各种命令来管理VPS，如安装软件、配置服务、管理文件等。
3. 安装面板软件：你可以选择安装一些面板软件，如cPanel、Plesk或DirectAdmin等。这些面板软件提供了一个图形化的界面，方便你进行VPS的管理和配置。
4. 安全设置：确保你的VPS云主机的安全性，包括设置防火墙、更新操作系统和软件、定期备份数据等。
5. 监控和优化：通过监控工具，你可以实时监控VPS的性能和资源使用情况，如CPU、内存、磁盘空间等。根据监控结果，你可以进行优化，如清理不必要的进程、调整配置等，以提高VPS的性能和稳定性。
6. 定期维护：定期进行系统维护是管理VPS的重要部分。包括更新操作系统和软件、清理日志文件、优化数据库等。
总之，管理日本VPS云主机需要熟悉操作系统和网络知识，并掌握相应的管理工具和技能。如果你对这些不熟悉，建议咨询相关专业人士或选择购买托管服务。