使用日本免费PHP空间可能会有以下缺点：
1. 广告：免费空间通常会要求在网站上放置广告，这可能会影响用户体验，增加页面加载时间，或者使网站看起来不专业。
2. 限制：免费空间通常会有一些限制，如存储空间、带宽、数据库大小等。这可能会限制网站的功能和扩展性。
3. 不稳定：免费空间通常会有较低的稳定性和可靠性，可能会出现服务器宕机、网站无法访问等问题。
4. 安全性：免费空间通常安全性较低，容易受到恶意攻击和黑客入侵。这可能导致数据丢失、网站被篡改等问题。
5. 速度：免费空间通常会有较慢的加载速度，特别是在高流量时。这会影响用户体验，并可能导致排名下降。
6. 支持：免费空间通常提供有限的技术支持，可能无法及时解决问题或提供专业的帮助。
总之，尽管免费PHP空间提供了一种低成本的建立网站的方式，但使用时需要权衡其限制和缺点，并根据实际需求选择最适合的方案。