国内最好的虚拟主机缺点有：1、备案程序繁琐，审核时间一般是20个工作日左右，且导致备案成功率不高；2、存在国内南北不通的问题，且两个线路相互之间访问速度极慢；3、国内主机提供商服务水平良莠不齐，且价格不便宜，存在超售超卖现象。

具体内容如下：

1、 备案程序繁琐

使用国内的虚拟主机需要向国家信息产业部提交网站的相关信息，域名备案审核时间一般是20个工作日左右，若是在空间域名网络购买虚拟主机，一般20天左右即可协助域名备案完成，审核成功后才可正常访问。而且某些类型的网站需要提供的资料很难获取，导致备案成功率不高，这也是很多站长放弃国内主机的原因。

2、国内南北互联问题

国内虚拟主机大多数都采用单线或者双线进行访问，而国内双线最大的缺点就是有南北不通的问题，国内电信网通互联不通，两个线路相互之间访问速度极慢，有时还不如访问国外主机的速度。

3、 国内主机提供商

国内主机鱼龙混杂，服务水平也是良莠不齐。几家大的主机提供商虽然服务很好，但是价格却不亲民。不少中少企业和个人为了节约建站成本，往往会选择小的主机提供商，但是服务器不稳定，超售超卖现象严重也为很多站长所诟病。