要搭建和管理日本VPS主机，您可以按照以下步骤进行操作：

1. 选择合适的VPS主机提供商：在市场上选择一家可信赖的VPS主机提供商，保提供商有良好的服务和技术支持。

2. 注册账户并购买VPS主机：在所选的VPS主机提供商网站上注册账户并购买所需的VPS主机套餐。通常，您可以选择不同的配置和价格来满足您的需求。

3. 选择操作系统：在购买VPS主机后，您需要选择适合您的需求的操作系统，比如Ubuntu、CentOS等。根据提供商的指示，您可以在控制面板中选择并安装所选的操作系统。

4. 连接到VPS主机：一旦操作系统安装完成，您可以使用SSH客户端连接到VPS主机。您将需要VPS主机的IP地址、用户名和密码。使用SSH客户端（比如PuTTY）连接到主机。

5. 配置服务器：一旦连接到VPS主机，您可以开始配置服务器。您可以安装所需的软件、配置网络设置、设置防火墙等。根据您的需求和技术水平，您可以自行配置或参考相关文档和教程。

6. 管理VPS主机：一旦VPS主机配置完成，您需要定期管理和维护主机。这包括更新操作系统、软件和补丁，监控服务器性能和资源使用情况，定期备份数据等。

7. 安全性和防护：为了确保VPS主机的安全性，您应该采取一些安全措施，比如设置强密码、禁用不必要的服务、使用防火墙、定期更新软件等。此外，您还可以考虑使用安全性更高的连接方式，如SSH密钥认证。

请注意，这只是一个概述，实际操作可能会因不同的VPS主机提供商和操作系统而有所差异。根据您的具体需求和技术水平，您可能需要进一步研究和学习相关知识。