在 MongoDB 中，可以使用 JavaScript 文件来进行查询。
首先，创建一个名为 `query.js` 的 JavaScript 文件，并在其中编写查询代码。例如，以下是一个简单的查询示例：
```javascript
db.collection("myCollection").find({ name: "John" }).forEach(function(doc) {
print(doc.name);
});
```
然后，使用 `mongo` 命令行工具来执行 JavaScript 文件。在命令行中运行以下命令：
```
mongo mydatabase query.js
```
其中，`mydatabase` 是你要使用的数据库的名称，`query.js` 是你编写的 JavaScript 文件的路径和名称。
这样，MongoDB 将会执行 `query.js` 中的查询，并输出结果到命令行。
请确保你已经正确安装了 MongoDB，并且已经连接到了要查询的数据库。