有几种常见的方法可以加速日本VPS的连接速度：
1. 使用CDN：使用内容分发网络（CDN）可以将网站的静态资源分发到不同的服务器节点上，让用户从离他们更近的服务器节点获取内容，从而提高访问速度。
2. 优化网络设置：通过优化VPS的网络设置，如调整TCP拥塞窗口大小、修改MTU值等，可以改善网络连接速度。
3. 使用加速软件：使用类似于Shadowsocks、V2Ray等加速软件可以帮助绕过网络限速或封锁，提高网络连接速度。
4. 选择合适的VPS提供商：选择优质的VPS提供商，他们通常会提供更好的网络连接和更快的服务器响应速度。
5. 使用多线路路由：通过使用多线路路由，可以将网络流量分发到不同的线路上，从而提高访问速度。
请注意，以上方法的效果可能因网络环境、VPS提供商等因素而有所差异，具体的加速效果可能需要根据实际情况进行测试和调整。