在MongoDB中进行分页查询时，可以通过以下方式进行优化：

使用索引：在进行分页查询时，确保集合中使用了适当的索引。通过建立合适的索引，可以大大提高查询性能，减少查询时间。

使用skip()和limit()方法：在MongoDB中，可以使用skip()和limit()方法来实现分页查询。但是要注意，skip()方法会跳过一定数量的文档，这可能会导致性能问题，特别是在大数据集中。因此，尽量避免在大数据集中使用skip()方法，或者限制skip()的使用范围。

使用聚合框架：MongoDB的聚合框架提供了更灵活的查询方式，可以更好地控制查询结果。通过使用聚合框架，可以更精确地获取需要的数据，避免不必要的数据传输和处理，从而提高查询性能。

使用projection：在分页查询中，尽量只返回需要的字段，避免返回过多的数据，减少网络传输和数据处理的开销。

使用skip()和sort()结合：在一些场景下，可以结合使用skip()和sort()方法来优化分页查询。通过合理地使用skip()和sort()方法，可以更快地获取需要的数据。

总的来说，优化MongoDB的分页查询需要综合考虑索引、查询方式、数据量等多方面因素，根据具体场景选择合适的优化策略。同时，对于大数据集，还可以考虑使用分片、缓存等技术来进一步提高查询性能。