日本VPS主机的一些缺点可能包括：

价格较高：日本VPS主机的价格可能会比一些其他国家的VPS主机更高，这可能会对预算有一定的影响。

网络连接速度可能不稳定：虽然日本拥有先进的网络基础设施，但是在高峰时段或者遇到网络故障时，网络连接速度可能会受到影响。

支持可能不及时：由于时差等原因，可能会导致在需要技术支持时，得不到及时的响应。

数据中心地理位置：如果您的目标受众主要在其他国家，选择日本VPS主机可能会影响网站的访问速度。

语言障碍：如果您不懂日语，可能会造成在使用VPS主机时出现一些交流困难。