在MongoDB中，长时间运行的事务可以通过使用分布式事务来处理。MongoDB支持多种事务类型，包括单文档事务和多文档事务。

对于长时间运行的事务，可以使用MongoDB的事务管理功能来确保事务的完整性和一致性。在创建事务时，可以设置事务的超时时间，以确保事务在一定时间内完成，避免长时间运行。

此外，可以使用MongoDB的事务监控功能来跟踪事务的执行情况，查看事务是否已经完成或者是否存在异常情况。通过监控事务，可以及时发现并解决事务运行过程中出现的问题。

总的来说，MongoDB提供了丰富的功能和工具来处理长时间运行的事务，开发人员可以根据具体的需求和情况选择合适的方法和策略来处理事务。