MongoDB中的主索引是指集合中的_id字段，默认情况下_id字段会被自动创建并作为主索引。主索引是集合中的唯一索引，它保证了集合中每个文档都有一个唯一的标识。主索引在MongoDB中是唯一的，且不能被删除。

而二级索引是指除主索引外的其他字段上创建的索引。二级索引可以在集合中的任何字段上创建，用来提高查询性能。通过在经常查询的字段上创建二级索引，可以加速查询操作并提高性能。与主索引不同的是，二级索引可以通过dropIndex()方法来删除。

因此，主索引和二级索引的区别在于主索引是集合中的唯一索引，用于唯一标识每个文档；而二级索引是用来加速查询操作的可选索引，可以在集合中的任何字段上创建。