在选择日本服务器时，电商网站需要考虑以下因素：

服务器性能：选择高性能的服务器，以确保网站能够快速加载并处理大量的访问请求。

网络连接速度：选择具有高速网络连接的服务器，以确保网站能够快速响应用户请求。

数据中心位置：选择位于日本境内的数据中心，可以提高网站访问速度，并符合日本国内数据存储的法规要求。

可靠性和稳定性：选择有良好声誉的服务提供商，确保服务器能够保持稳定运行，避免因服务器故障而导致网站宕机。

安全性：选择具有高级安全防护措施的服务器，以确保网站数据的安全性和保密性。

支持服务：选择提供24/7技术支持的服务器提供商，以确保在遇到问题时能够及时获得帮助。

综上所述，电商网站在选择日本服务器时需要综合考虑服务器性能、网络连接速度、数据中心位置、可靠性和稳定性、安全性以及支持服务等因素，以确保网站能够以高效稳定的方式运行。