要防止日本服务器被恶意攻击，可以采取以下措施：

更新和加强服务器的安全措施：确保服务器上安装最新的安全补丁和防火墙，以及使用强大的密码和加密技术来保护服务器数据。

监控服务器流量和活动：使用网络监控工具来实时监控服务器的流量和活动，及时发现异常情况并采取相应的应对措施。

使用网络安全工具：安装并定期更新反病毒软件、入侵检测系统和其他网络安全工具，帮助防范恶意攻击。

加强员工培训：对服务器管理员和其他员工进行网络安全培训，提高他们对安全风险的认识和应对能力。

定期备份数据：定期备份服务器数据，以防止数据丢失或被勒索软件勒索。

定期进行安全审计：定期对服务器进行安全审计，检查服务器配置是否符合最佳实践，并及时修复漏洞或弱点。