在Prometheus中手动删除数据可以通过以下步骤实现：

停止Prometheus服务器：首先需要停止Prometheus服务器，以确保数据不会被修改或覆盖。

删除数据文件：在Prometheus的存储路径中，通常是data/目录下，可以找到存储数据的文件。可以手动删除这些数据文件来清除数据。

重启Prometheus服务器：删除数据文件后，需要重新启动Prometheus服务器来重新加载配置并开始存储新的数据。

需要注意的是，手动删除数据可能会导致数据丢失或破坏，因此建议在删除数据之前备份数据以防万一。另外，也可以考虑使用Prometheus提供的远程存储方案，将数据存储在外部数据库或对象存储中，以便更灵活地管理和删除数据。