MongoDB文件系统的清理方法通常包括以下几个步骤：

压缩文件系统：可以使用文件系统工具来对数据库文件进行压缩，以节省磁盘空间。

删除过期数据：定期删除过期或不再需要的数据，以释放空间。

数据迁移：将数据迁移至其他存储设备，以释放文件系统空间。

数据归档：将不经常访问的数据进行归档，以节省文件系统空间。

数据备份：定期备份数据，并对备份数据进行管理，以节省文件系统空间。

监控文件系统空间：定期监控文件系统的空间使用情况，及时处理空间不足的情况。