要清理Tomcat服务器缓存，可以按照以下步骤操作：

停止Tomcat服务器：首先需要停止Tomcat服务器，可以使用以下命令：

$CATALINA_HOME/bin/shutdown.sh

清理Tomcat的工作目录：Tomcat的工作目录通常是在$CATALINA_HOME/work目录下，可以将该目录下的所有文件和子目录删除，以清理Tomcat的缓存。

清理Tomcat的日志文件：Tomcat的日志文件通常是在$CATALINA_HOME/logs目录下，可以将该目录下的日志文件删除或者进行归档和压缩。

清理Tomcat的临时文件：Tomcat的临时文件通常是在$CATALINA_HOME/temp目录下，可以将该目录下的临时文件删除。

清理Tomcat的web应用缓存：Tomcat的web应用缓存通常是在$CATALINA_HOME/webapps目录下，可以将该目录下的web应用缓存文件删除。

重新启动Tomcat服务器：清理完Tomcat服务器缓存后，可以重新启动Tomcat服务器，使用以下命令：

$CATALINA_HOME/bin/startup.sh

通过以上步骤，可以清理Tomcat服务器的缓存，使服务器重新加载最新的配置和文件。