要在MongoDB中执行shell命令，可以使用system方法。该方法接受一个字符串参数，该参数是要执行的shell命令。下面是一个示例：

db.runCommand({ "eval": "system('ls -l')"})

在上面的示例中，ls -l是要执行的shell命令。system方法会将该命令传递给操作系统执行，并返回执行结果。

请注意，在生产环境中执行shell命令可能会有安全风险，因此请谨慎使用。