当MySQL运行SQL文件缓慢时，可以考虑以下优化方法：

1. 增加内存缓冲区：通过修改MySQL配置文件中的`innodb_buffer_pool_size`参数来增加内存缓冲区的大小，提高数据库的性能。

2. 优化SQL语句：对于复杂的SQL语句，可以考虑对其进行优化，包括使用索引、合理设计查询语句等。

3. 分批导入数据：如果SQL文件很大，可以考虑将其分成多个小文件，分批导入数据，减少单次导入的数据量。

4. 关闭或限制数据库日志：关闭或限制数据库的日志功能，可以减少数据库的写入操作，提高导入速度。

5. 使用并行导入：对于有多个数据表的SQL文件，可以使用并行导入的方式，同时导入多个表，提高导入速度。

6. 使用LOAD DATA INFILE命令：对于大量数据的导入，可以使用LOAD DATA INFILE命令，将数据直接从文件导入到数据库中，比使用INSERT语句逐条插入数据更快。

7. 使用压缩文件：如果SQL文件较大，可以考虑使用压缩文件格式，如gzip或bzip2，减小文件大小，提高导入效率。

8. 调整系统参数：根据系统的实际情况，考虑调整操作系统的参数，如文件句柄数、内核参数等，以提高数据库的性能。

以上是一些常见的优化方法，具体的优化策略需要根据实际情况进行调整和实施。