要使用网络入侵检测系统（NIDS）保护CentOS服务器，可以按照以下步骤进行操作：

安装NIDS软件：选择合适的NIDS软件，例如Snort、Suricata等，并按照软件提供的官方文档或指南进行安装。确保选择与CentOS版本兼容的软件。

配置NIDS规则：NIDS软件通常提供规则来检测和阻止网络入侵。根据服务器的需求和安全策略，配置适当的规则。可以使用开源的规则库，如Emerging Threats规则库，或根据特定的需求编写自定义规则。

更新NIDS规则：定期更新NIDS规则以保持对新威胁的检测能力。可以使用软件提供的自动更新功能，或手动下载并安装最新的规则。

监控NIDS日志：NIDS软件会生成日志，其中记录了检测到的潜在入侵事件。定期检查这些日志以获取任何异常活动的警报，并及时采取措施应对。

配置防火墙：在CentOS服务器上配置防火墙规则以限制对服务器的访问。防火墙可以设置仅允许特定IP地址或端口的访问，或者限制特定协议的流量。

更新系统：及时更新CentOS服务器上的操作系统和软件，以修复已知的漏洞和增强服务器的安全性。

加密通信：使用安全协议（如HTTPS）来加密与服务器的通信，以防止数据在传输过程中被窃取或篡改。

定期备份：定期备份重要的服务器数据，并将备份文件存储在安全的位置。这样，即使服务器遭到入侵或数据损坏，也可以恢复数据并减少损失。

以上是使用网络入侵检测系统保护CentOS服务器的一般步骤。根据具体需求和安全策略，还可以采取其他措施来进一步加强服务器的安全性。