在 MongoDB 中，多集合关联查询可以通过以下几种方法来实现：

嵌套文档：将一个集合的文档作为另一个集合的字段嵌套存储。这种方法适用于一对一或一对多关系，并且可以在一个查询中获取相关数据。但是，如果关联数据量很大，可能导致文档变得过于复杂和庞大。

手动引用：在一个集合的文档中使用其他集合文档的唯一标识符（如 _id 字段）作为字段引用。通过查询引用字段，可以获取相关数据。这种方法适用于一对一或一对多关系，并且可以在一个查询中获取相关数据。但是，需要手动处理引用字段的维护和查询。

DBRef：DBRef 是 MongoDB 的一种引用类型，可以在一个集合的文档中使用其他集合文档的唯一标识符和集合名称作为字段引用。通过查询 DBRef 字段，可以获取相关数据。这种方法适用于一对一或一对多关系，并且可以在一个查询中获取相关数据。但是，需要手动处理 DBRef 字段的维护和查询。

聚合管道：使用聚合管道可以对多个集合进行关联查询。聚合管道可以通过多个阶段来处理和转换数据，包括 $lookup 阶段来进行关联查询。这种方法适用于多对一、多对多等复杂关系，并且可以在一个聚合查询中获取相关数据。

以上方法各有优缺点，具体使用哪种方法取决于数据模型的设计和查询需求的复杂性。