当MongoDB集合过多时，可以考虑以下几种处理方法：

数据库分片：使用MongoDB的分片功能将数据分散存储在多个集群中，每个集群包含多个分片，可以水平扩展存储容量和吞吐量。

数据库分库：将数据库中的集合分散到多个数据库中，每个数据库包含一部分集合，可以减轻单个数据库的负载压力。

数据库垂直切分：将数据库中的集合按照不同的业务功能划分到不同的数据库中，每个数据库只包含特定类型的集合，可以提高查询性能。

数据归档和压缩：对于不常使用的集合，可以进行归档和压缩，将数据存储在离线存储或者压缩数据库中，减少对主数据库的负载。

数据库优化：通过索引、查询优化和性能调优等方法，提高数据库的查询和写入性能，减少对集合的访问次数。

数据清理：定期清理过期或者不再使用的数据，减少集合的数量和数据库的存储空间。

数据迁移：将一部分集合迁移到其他数据库或者存储系统中，减少当前数据库的集合数量。

需要根据具体情况选择合适的方法进行处理，可以通过监控和性能测试等手段评估不同方法的效果和影响。