常用的VPS自动备份工具有以下几种：

1. rsync: rsync是一个功能强大的文件同步工具，可以通过脚本定期执行备份操作，并且支持增量备份，只备份发生变化的文件。

2. rsnapshot: rsnapshot是基于rsync的一个备份工具，可以定期执行备份操作，并且支持多个备份级别，可以根据需求进行完整备份或增量备份。

3. Bacula: Bacula是一个开源的网络备份解决方案，可以实现自动化备份和恢复操作，支持多种备份策略和备份存储介质。

4. Duplicity: Duplicity是一个基于rsync的增量备份工具，支持加密和压缩，可以将备份数据存储到本地或远程服务器。

5. BackupPC: BackupPC是一个开源的备份系统，可以通过备份客户端自动备份多台主机的数据，支持增量备份和压缩，可以根据需要进行备份恢复。

以上是一些常用的VPS自动备份工具，根据个人需求和服务器环境选择合适的工具进行备份操作。