清理虚拟主机数据库可以通过以下步骤进行：

备份数据库：在清理之前，务必先备份数据库，以防意外操作导致数据丢失。

删除无用数据：检查数据库中是否有无用的数据，如过期的日志、临时文件等，并进行删除操作。可以使用SQL语句或数据库管理工具进行删除。

优化表结构：使用数据库管理工具对表结构进行优化，可以使用OPTIMIZE TABLE命令来优化表，以提高数据库性能和减少空间占用。

清理日志文件：清理数据库的日志文件，可以通过备份日志、删除过期日志等方式进行清理。具体操作可以参考数据库管理工具的文档或官方指南。

压缩数据库：对数据库进行压缩操作，可以通过压缩工具或数据库管理工具进行，以减少数据库文件占用的空间。

以上是一般的虚拟主机数据库清理步骤，具体操作要根据所使用的数据库管理工具和数据库类型进行调整。在进行任何数据库清理操作之前，务必先备份数据库，以防数据丢失。