MongoDB基于索引可以提高查询效率的原因主要有以下几点：

减少数据扫描：索引是按照特定的字段值进行排序和存储的数据结构，可以根据索引快速定位到符合查询条件的数据，从而减少了需要扫描的数据量，提高了查询效率。

提高数据的局部性原理：索引的数据结构一般是基于B树或B+树的，这种树结构可以将相邻的数据存储在相邻的磁盘块中，减少了磁盘IO操作的次数，从而提高了查询效率。

避免全表扫描：如果没有索引，查询操作可能需要对整个表进行全表扫描，当数据量很大时，查询效率会非常低下。而有了索引后，可以根据索引字段快速定位到符合条件的数据，避免了全表扫描的情况。

加速排序和聚合操作：索引可以对查询结果进行排序和聚合操作，例如按照某个字段进行排序或者统计某个字段的总和、平均值等，这些操作可以更快地完成。

总之，索引的存在可以提高查询效率是因为它能够减少数据扫描、提高局部性原理、避免全表扫描，从而加速查询、排序和聚合操作。