要限制VPS上的网站网速，可以通过以下几种方法实现：

使用流量控制工具：可以使用工具如tc（Traffic Control）来进行流量控制。它是Linux系统中一个非常强大的流量控制和网络队列管理的工具。你可以使用tc来限制网站的带宽使用，限制传输速度等。

使用网络控制面板：有一些网络控制面板如cPanel、Plesk等，它们通常都提供了限制带宽的功能，你可以在面板中设置每个网站的带宽限制。

使用代理服务器：通过设置一个代理服务器来限制网站的网速。可以使用Squid等代理服务器软件来实现，通过配置代理服务器的带宽限制参数，来限制网站的带宽使用。

使用防火墙：通过配置防火墙规则，限制网站的带宽使用。可以使用iptables等工具来配置防火墙规则，设置限制网站的传输速度等参数。

无论选择哪种方法，都需要对VPS进行一定的配置和设置，以确保限制带宽的效果能够得到实现。