要在云主机上运行.bat文件夹中的文件，可以按照以下步骤操作：

登录到云主机的远程桌面或通过SSH连接到云主机的命令行界面。

使用cd命令切换到.bat文件夹的目录。例如，如果.bat文件夹位于C盘根目录下的test文件夹中，可以使用以下命令切换到该目录：

cd C:\test\.bat文件夹路径

运行.bat文件夹中的.bat文件。输入.bat文件的名称，并按下Enter键执行。例如，如果.bat文件名为run.bat，可以使用以下命令运行该文件：

run.bat

您还可以使用其他选项和参数来运行.bat文件，这取决于.bat文件的设计和要求。您可以在命令行中输入.bat文件名，然后使用空格分隔的选项和参数。例如：

run.bat -option1 -option2 parameter1

根据.bat文件的设计和目的，您可能还需要进行其他配置和操作，例如设置环境变量、安装必要的软件或库等。请根据具体的要求和指导进行操作。