网站虚拟主机空间漏洞修复的方法：1、检查是否有账号泄露或异常登录的情况；2、更新系统补丁到最新版；3、使用安全扫描软件扫描网站下载文件；4、关闭危险端口并开启系统防火墙；5、更新网站文件。

具体内容如下：

1、检查是否有账号泄露的情况以及有没有异常登录。

2、检查系统补丁是否更新到最新版。

3、网站文件下载到本地，利用安全扫描软件扫描网页后门木马，清理网页后门木马。

4、关闭危险端口，开启系统防火墙。

5、更新网站文件覆盖可疑或者被修改过的文件。