要连接日本VPS主机上的数据库，您可以按照以下步骤进行操作：

首先，确保您已经安装了数据库管理软件，例如MySQL或PostgreSQL。

登录到您的VPS主机，可以使用SSH（Secure Shell）工具连接到VPS。在命令行中输入以下命令：

ssh username@ip_address

其中，username是您的VPS主机的用户名，ip_address是VPS主机的IP地址。

输入您的密码以登录到VPS主机。

安装数据库管理软件，可以使用以下命令之一：

对于MySQL：

sudo apt-get install mysql-server

对于PostgreSQL：

sudo apt-get install postgresql

根据您选择的数据库类型，选择相应的命令进行安装。

安装完成后，您可以使用以下命令启动数据库服务：

对于MySQL：

sudo service mysql start

对于PostgreSQL：

sudo service postgresql start

连接到数据库，可以使用以下命令之一：

对于MySQL：

mysql -u username -p

其中，username是您的数据库用户名。

对于PostgreSQL：

sudo -u postgres psql

输入您的数据库密码以登录到数据库。

现在，您已经成功连接到日本VPS主机上的数据库，可以执行相应的数据库操作了。

请注意，以上步骤仅适用于基于Linux操作系统的VPS主机。如果您使用的是Windows操作系统，可能需要使用不同的命令或工具进行连接。