虚拟主机的主目录配置可以通过修改服务器的配置文件来完成，具体步骤如下：

打开服务器的配置文件，一般是位于 /etc/httpd/conf/httpd.conf 或 /etc/apache2/apache2.conf。

在文件中找到 VirtualHost 部分，这是虚拟主机的配置区域。

在 VirtualHost 部分中，找到 DocumentRoot 指令，该指令用于指定虚拟主机的主目录。

修改 DocumentRoot 指令的值，将其设置为你想要的虚拟主机的主目录路径。例如，设置为 /var/www/example.com/public_html。

保存配置文件并重启服务器，以使配置生效。在终端中输入 sudo service apache2 restart（适用于 Apache 服务器）或 sudo service httpd restart（适用于 Nginx 服务器）。

配置完成后，虚拟主机的主目录将会被设置为你指定的路径。请注意，你可能还需要设置相应的文件权限和访问控制规则，以确保虚拟主机的内容可以被正确访问。