PHP虚拟主机操作可以通过以下几种方法进行：

配置文件：通过编辑虚拟主机的配置文件（如Apache的httpd.conf文件或Nginx的nginx.conf文件）来配置虚拟主机的相关参数，如域名、目录路径、访问权限等。

控制面板：使用虚拟主机提供的控制面板（如cPanel、Plesk、DirectAdmin等）进行操作。控制面板通常提供了图形化的界面，方便用户进行虚拟主机的管理，包括添加、删除、修改虚拟主机、设置域名、FTP账号、数据库等。

命令行：通过命令行工具（如SSH）连接到服务器，使用命令行操作虚拟主机。可以使用命令行工具上传文件、修改配置文件、安装软件等。

FTP客户端：使用FTP客户端软件连接到虚拟主机的FTP服务器，进行文件上传、下载、删除等操作。可以使用FTP客户端软件如FileZilla、WinSCP等。

文件管理器：有些虚拟主机提供了网页版的文件管理器，用户可以通过浏览器访问文件管理器来进行文件的上传、下载、删除等操作。

需要注意的是，具体的操作方法可能因虚拟主机提供商、操作系统、服务器软件等不同而有所差异，可以根据具体情况选择合适的方法进行操作。