要设置Java虚拟主机目录，您需要编辑Tomcat的配置文件。以下是设置Java虚拟主机目录的步骤：

打开Tomcat的配置文件server.xml。该文件通常位于Tomcat安装目录下的conf文件夹中。

在server.xml文件中找到标签，该标签定义了虚拟主机的配置。

在标签中添加一个标签，用于定义虚拟主机的目录。

例如，如果您希望将虚拟主机的目录设置为“/var/www/myapp”，则可以添加以下代码：

<Context path="" docBase="/var/www/myapp" debug="0" reloadable="true"/>

这将把虚拟主机的根目录设置为“/var/www/myapp”。

保存server.xml文件并重新启动Tomcat服务器。

现在您可以通过在浏览器中输入虚拟主机的URL来访问Java应用程序。

请注意，以上步骤是在使用Tomcat作为Java应用服务器的情况下。如果您使用其他Java应用服务器，如Jetty或GlassFish，设置虚拟主机目录的步骤可能会有所不同。请参考相应的文档以获取详细信息。