云服务器上的文件可以通过以下几种方式进行删除：

1. 使用命令行删除：可以通过SSH登录到云服务器，使用命令行删除文件。例如，使用rm命令删除文件：rm filename。

2. 使用文件管理工具删除：云服务器上通常会提供文件管理工具，如cPanel、FileZilla等，可以使用这些工具登录到服务器，选择要删除的文件，然后点击删除按钮进行删除。

3. 使用API删除：云服务器提供了API接口，可以通过编写脚本或调用API接口来删除文件。

无论使用哪种方式删除文件，都需要慎重操作，确保要删除的文件是正确的，并且在删除之前备份重要的文件以防止误删。