云虚拟主机系统可以通过以下方式进行保护：

1. 强化操作系统安全性：定期更新操作系统补丁，禁用不必要的服务和端口，配置防火墙来限制访问。

2. 使用防火墙：配置防火墙来限制对虚拟主机的访问，只允许特定的IP地址或端口进行访问。

3. 安装安全软件：安装杀毒软件、入侵检测系统（IDS）等安全软件来检测和阻止恶意软件和攻击。

4. 数据备份与恢复：定期备份重要数据，并将备份数据存储在不同的位置，以防止数据丢失。同时，测试和验证备份数据的恢复过程。

5. 强密码和多因素身份验证：使用强密码来保护虚拟主机系统的登录和管理，同时启用多因素身份验证以增加安全性。

6. 定期安全审计和监测：定期对虚拟主机系统进行安全审计和监测，检查是否有异常活动或入侵迹象。

7. 限制文件和目录权限：设置适当的文件和目录权限，以确保只有授权的用户可以访问和修改相应的文件和目录。

8. 加密通信：使用SSL/TLS等加密协议来保护虚拟主机系统与其他系统之间的通信，防止数据被窃取或篡改。

9. 定期更新软件和应用程序：及时更新软件和应用程序，以修复已知漏洞和安全问题。

10. 建立安全策略和培训员工：制定和执行严格的安全策略，并对员工进行安全培训，提高他们对安全威胁的意识和应对能力。