虚拟主机上的MySQL数据库可以通过以下几种方式进行管理：

使用phpMyAdmin：phpMyAdmin是一个基于Web的MySQL数据库管理工具，可以通过浏览器访问虚拟主机上的phpMyAdmin界面，进行数据库的创建、表的管理、数据的导入导出等操作。

使用命令行工具：通过SSH登录到虚拟主机的命令行界面，可以使用MySQL命令行工具（如mysql、mysqldump等）进行数据库的管理。例如，可以使用mysql命令登录到MySQL服务器，执行SQL语句来创建、删除、修改数据库和表，插入、更新、删除数据等操作。

使用图形化工具：可以使用一些图形化的MySQL数据库管理工具，如Navicat、MySQL Workbench等，通过连接虚拟主机上的MySQL服务器，进行数据库的管理和操作。

无论使用哪种方式，管理MySQL数据库时需要注意以下几点：

确保数据库的安全性，设置强密码并定期更改密码。

定期备份数据库，以防止数据丢失。

优化数据库性能，合理设计表结构和索引，避免查询性能问题。

定期清理无用数据，以减少数据库的存储空间占用。

注意数据库权限管理，给予合适的权限给不同的用户，以保护数据的安全。