以下是一些加速日本直连VPS的方法：

选择靠近日本的服务器：选择位于日本附近的服务器，可以减少数据传输的延迟和丢包率。

优化网络设置：通过调整TCP/IP参数、MTU等网络设置，可以提高VPS的网络性能。

使用加速软件：使用加速软件可以加速网络连接，例如SSR、V2Ray等。

选择高速网络提供商：选择网络速度快、稳定的网络提供商，可以提高VPS的网络性能。

优化网站代码：优化网站代码可以减少网络传输的数据量，从而提高VPS的网络性能。

使用CDN加速：使用CDN可以将网站静态资源分发到全球各地的节点上，从而提高网站的访问速度。