Linux虚拟主机系统可以通过以下几种方式进行管理：

控制面板：安装控制面板如cPanel、Plesk、Webmin等可以方便地管理Linux虚拟主机系统的各项功能，如文件管理、数据库管理、邮件管理、域名管理等。

命令行：通过ssh连接到Linux虚拟主机系统的终端，使用命令行工具如vi、nano、mysql等进行文件编辑、数据库操作等。

FTP客户端：通过FTP客户端如FileZilla、WinSCP等连接到Linux虚拟主机系统，进行文件上传、下载、删除等操作。

SSH客户端：通过SSH客户端如Putty、SecureCRT等连接到Linux虚拟主机系统，进行文件传输、远程登录等操作。

Web界面：有些Linux虚拟主机系统提供Web界面管理工具，可以通过浏览器访问进行管理。